Mokykla pradėta statyti 1987 m.
1988 m. Rugsėjo 1-ąją dieną nauja mokykla atvėrė 727 mokiniams. Tuomet ji vadinosi Jonavos 6-oji vidurinė mokykla. Mokyklai vadovavo direktorius Donatas Juodelė. Mokytojų kolektyvą sudarė 44 pedagogai. Mokytojai buvo jauni, energingi, jų amžiaus vidurkis – 35 metai.
1990 m. pavasarį mokykla išleido pirmąją abiturientų laidą. Dvyliktą klasę baigė 12 mokinių. Pirmos laidos auklėtoja buvo biologijos mokytoja Žiedrūna Jurgutienė.
1990 m. mokyklos kolektyvui vadovauti pradėjo direktorius Robertas Mikulėnas.
1997 m. rugsėjo 3 d. Mokyklai suteiktas kraštiečio dramaturgo Raimundo Samulevičiaus vardas. Tais pačiais metais įkurtas mokyklos muziejus.
2001 m. mokyklą baigė paskutinė – dvylikta abiturientų laida (47 abiturientai). Nuo 2001 m. rugsėjo 1 d. mokykla tapo pagrindinė.
2001 metais mokykla įtraukta į UNESCO asocijuotų mokyklų tinklą.
2001 m. mokykla įtraukta į sveikatą stiprinančių mokyklų tinklą.
Nuo 2001 m. mokykla dalyvauja Mokyklų Tobulinimo programoje.
2002 m. mokykla paskelbta spotiškiausia Lietuvos mokykla (pagrindinių mokyklų tarpe).
2004 m. mokyklos kolektyvui vadovauti pradėjo direktorius Artūras Jagelavičius.
2004-2005 m. m. mokykloje mokėsi 1036 1-10 klasių mokiniai, dirbo 74 pedagogai.
